《使徒行者2》电影结局是开放式的，井进贤、程滔分别由古天乐和张家辉饰演，两人最后受重伤，但没有交代死没死，镜头最后留在了两人小时候爱玩的魔方上面。故事主要是讲井进贤、程滔两兄弟失散多年，为了找警察内的黑警而走到一起。除了犯罪，兄弟情也是非常重要的一个线索。《使徒行者谍影行动》的结局是警察赢了。该电影的最后一个画面是停留在一个魔方上面，呼应了《使徒行者1》的剧情。警察卧底井进贤在正义警察程滔的劝说下，决定洗心革面，二人联手打败了坏人，并且救出了井进贤的女儿。使徒行者2结局是魏德信被覃欢喜枪杀，报仇任务完成，取消自首任务，带着小弟乐少、猜fing去泰国开启新任务去了。《使徒行者2》大结局中，覃欢喜联手卓凯反杀魏德信，最终覃欢喜成为了香港最大的黑帮势力。在最后的决战阶段，警方用双重掉包法成功让姚可仪再次黑入特工帝国的系统，并在生死最后一刻将文件传输给了警方。警方获得了机密文件后消灭了神秘组织，救出了井进贤的女儿。另一边，程滔与井进贤在逃离追杀的过程中受了重伤，最后用尽力气把反派demon架着被牛给撞死了。
反转之剧情推进太快，好像龙卷风作为一个“猜卧底”的为主线的故事，《使徒行者2》第一集就上线了五个卧底，手笔之大，下料之猛令人目瞪口呆。集结完毕的“五人组”惩奸除恶，大展拳脚的时候，编剧丧心病狂的让刚刚上线的五个卧底，在第一集结尾干脆利落的来了个团灭，让人没有一点点防备。速龙是卧底还是黑警?速龙确实是正牌卧底，但逐渐变节，被魏德信收买。由于wing翔知道速龙在台湾做卧底时曾经杀过人，速龙怕自己做坏事的事情被暴露，于是在泰国制造了爆炸案炸死了四个卧底。随后他把乐少的藏身地点告诉陈豪，这才会有天堂等人来抓乐少的情节。而在第一部的大结局中，黑帮反派欢喜哥个人档案出现在卧底警员档案室中，却被戴手套的神秘人删去，留下谜一般的身世背景。这位删除档案的神秘人会是警队中变节的黑警还是被康sir派出的卧底呢?这个情节在《使徒行者2》的预告片里也重现了。（使徒行者2几大亮点和疑点分析结局埋伏笔或出第三季）施嘉莉就是一个英国退役卧底，但退役后的施嘉莉并没有安分守己的在警局工作，而是在魏德信手下助其洗黑钱，两人有感情纠葛!而施嘉莉和卓凯也是有感情戏的，所以是比较复杂的三角关系。
乐少跟随覃欢喜的原因主要有以下几点：对于把手下卧底名誉看作比什么都重要的卓凯不可能在没有看到乐少的尸体的时候而不去寻找。乐少写给卓sir的卧底日记裡说过他其实真的好希望可以张阿梅天堂cherry一样做一名真正的卧底做一家人，对于这样一个有坚持有理想的人绝不可能轻易叛变。讲述了以卓凯为首的正义力量，因一次警察被害案踏上了拯救卧底和寻找幕后黑手的征程。并将揭开第一部结尾时被删除了卧底档案后的“欢喜哥”留下的一连串悬念。《使徒行者2》的结尾看得出不少为第三部留下的伏线。伏笔欢喜哥救乐少锋，乐少最终跟欢喜哥去泰国发展。余少锋很有可能会变节，他跟着陈志强那么长时间，卓凯本来可以顺利把他带回香港，但他还是要回去找陈志强，不得不说他跟陈志强之间的兄弟情很深厚，所以乐少锋加入了覃欢喜的帮派要杀了魏德信给陈志强，所以余少锋很可能会变节。乐少峰之所以没有死是因为徐天堂打他的三枪都没有打在要害处,而受伤的他又被覃欢喜所救。
《使徒行者2》主要讲述的是一起在孤儿院生活的两个孩子，其中一个小孩被绑架了，两个好兄弟的命运发生了很大的改变。长大后两个人都成了警察，而一个是维护正义的警察、一个是替犯罪团伙卖命的黑警，两个人开始了一场心理战。电影的煽情过多，尤其是最后各种唱歌，唱完歌之后又有一段，本以为结束了竟然还有。电影作为一个开放结局，结局过于无厘头，对于程滔和井进贤来说，两个已经重伤的人最后还能继续打，继续站起来，简直是奇迹，就是那种死不了的感觉。《使徒行者谍影行动》是一部香港警匪电影，讲述了警察与匪徒之间错综复杂的故事，充满了悬疑和情感元素。电影的故事背景设定在香港，情节围绕警方卧底与犯罪团伙之间的斗争展开。警方为了打击日益猖獗的犯罪活动，决定派遣卧底探员深入犯罪团伙内部，以收集情报和破获大案。《使徒行者2》在节奏和信息量上展现出港剧一贯的特点，不拖泥带水，剧情紧凑，从卓sir联络卧底到五个卧底一一现身，再到一起办案，一系列过程行云流水，这在注水成常态的国产剧里显得尤为珍贵。视角的改变也让这部作品在故事构架上有了新的突破，从底层视角转向高层争斗，为观众带来全新的观影体验。
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